Aproximadamente en el siglo VI, propiciado por San Martín de Dumio, se asentaron en Samos los primeros religiosos que fundaron este monasterio.
Aquellas comunidades religiosas se regían por Reglas Hispanas como las de San Fructuoso o San Isidoro, pero a partir del siglo X la Regla de San Benito ordenó la vida monástica en este cenobio. Las múltiples donaciones hechas por los reyes y nobles dan testimonio de su observancia, de su influjo social y espiritual dentro y fuera de la comarca.
El renombre de este Monasterio y su situación en el Camino de Santiago lo convirtió en lugar de obligado descanso de los caminantes en su peregrinaje a abrazar al Santo Apóstol.
A partir del siglo XVI la comunidad benedictina de Samos pertenece a la Congregación de la Observancia de Valladolid, alcanzando en esos tiempos su mayor importancia histórica. Reyes, nobles, obispos y artistas se acogieron a la hospitalidad de este Monasterio, del que salieron personajes importantes en la historia y la cultura de España, resaltando entre sus monjes al P. Benito Jerónimo Feijóo y ocho Obispos. Como dato curioso, el segundo obispo de Buenos Aires, predecesor por tanto del Papa Francisco en aquella Sede fue el monje de Samos P. Cristóbal de Aresti.
El siglo XIX trajo la agitación y el desasosiego a este tranquilo valle, pues el Monasterio se convirtió en hospital de guerra durante la invasión francesa, atendiendo simultáneamente a más de 800 heridos. La Desamortización de Mendizábal provocó que los monjes abandonaran su milenaria morada. Éstos retornaron en el año 1880, restaurando los muros del noble edificio y renovando la vida monástica hasta la actualidad.
